Институт за трансфузију крви Србије управља квалитетом својих производа и услуга применом Интегрисаног Менаџмент Система (IMS). Основу IMS чини стандард система менаџмента квалитетом производа и услуга (ISO 9001) на који се својим специфичним захтевима надовезују систем менаџмента квалитетом лабораторија (ISO/IEC 17025/ISO 15189), стандард за хистокомпатибилна и имуногенетска тестирања (EFI), систем менаџмента животном средином (ISO 14001) и систем менаџмента безбедношћу и здрављем на раду (ISO 45001). Предмет и подручје примене IMS су:
Процесима производње и пружања услуга управља се применом процесног приступа (PDCA) уз свеопшту усредсређеност на „размишљање засновано на ризику“, на нивоу сваког појединачног процеса и IMS као целином. Квалитет производа и услуга обезбеђује се применом смерница добре произвођачке праксе (ДПП). У сваком процесу интегрисана су стручна и научна знања, добре праксе, закони и прописи, искуство запослених. Систем менаџмента квалитетом производа и услуга (QМS), систем менаџмента заштитом животне средине (EMS) и систем управљања заштитом здравља и безбедношћу на раду (ОHSAS) сертификовани су (2010 – 2018).
Једна лабораторија - Одељење за типизацију ткива акредитована је у складу са затевима EFI стандарда (Standards for Histocompatibility & Immunogenetics Testing, European Federation for Immunogenetics) од 2013. године. Институт за трансфузију крви Србије је за функционисање IMS добио Националну награду за пословну изврсност - "Оскар квалитета" 2014. године, у категорији јавног сектора, за процесе, производе и услуге, резултате код друштвене заједнице и пословне резултате.